الرُّواه در 23 جلد در علم رجال، نَفَحاتُ الاعجاز فی رَدِّ حُسنِ الایجاز در علوم قرآنی و تکمله ی منهاجُ الصّالحین و … از آن جمله اند. معظمٌ له هم چنین موسسات خیریه ای در شهرهای مختلف دنیا دایر کرده است که شامل بناهای مسکونی، مسجد، حسینه، کتابخانه، مدرسه و درمانگاه می باشد. آیت اللَّه خویی سرانجام در سن 96 سالگی در حالی که از یک سال پیش از طرف حزب بعث خونخوار عراق در کوفه تبعید بود، در 8 صفر 1413ق برابر با 17 مرداد 1371 ش دار فانی را وداع گفت و در مسجدالخضراء محل تدریس خود در نجف اشرف مدفون گردید.