از جانب پدر زن خويش مامون به جانشيني او برگزيده شد و لقب الرضا من آل محمد (محبوب خانواده محمد) به او داده شده (نامه ي آستان قدس: اين نظر پوپ درست نيست زيرا قول بعضي از نويسندگان را حجت گرفته) اين نامزدي انگيزه اغتشاش زيادي شد و اندكي بعد زماني كه علي الرضا با مأمون در طوس به سر مي برد و مشغول بازديد مقبره هارون الرشيد پدر مأمون بود، رحلت كرد. به عقيده شيعيان، آن حضرت از طرف دشمنانش كه به شهرت و نفوذ او حسد مي بردند مسموم گرديد و بدين ترتيب در عداد شهداء مقدس درآمد. حرم دستخوش تغييرات زيادي واقع شده است. بنابر روي زميني نرم و رطوبت پذير بنا شده كه از نظر معماري به كلي نا متناسب است و اگر چه در پانزده سال اخير دفن اموات در اين مكان ممنوع گرديده مع الوصف تدفين هاي بي شمار قبل از آن اين بنا را تا اندازه اي تضعيف و استحكامش را مورد تهديد قرار داده است همچنين زمين لرزه هاي متعدد هم در اين ضايعات سهم داشته و نيز دستخوش خرابي و غارت مهاجمين متجاوز قرار گرفته است؛ تجديد بناهاي تازه، طرح اصلي را به كلي درهم و برهم كرده است گو اين كه به طور كلي تغييرات و خسارات وارده زير نماهاي زيبا پنهان گشته اند.

تاريخ مفصل و پيچيده آن را فقط زماني مي توان تدوين كرد كه يك سلسله مطالعات دامنه دار و اندازه گيري هاي دقيق و بسيار زياد به عمل آيد و به موازات آن تحقيقات، مطالعاتي مفصل و دقيق در آثار باقي در خود حرم اجرا گردد وضع حداقل در زمان حال