سال 1347 قمری به حوزه ی علمیه ی قم رفت و به تربیت طلاب علوم دینی پرداخت و شخصیت های بزرگواری چون حضرات آیات عظام: امام خمینی(ره)، سید شهاب الدین مرعشی نجفی، میرزا هاشم آملی، محمدرضا مروج طبسی و … را به جهان تشیع عرضه نمود. بعد از 7 سال مجدداً به تهران بازگشت و در مسجد امین الدوله ی بازار، امامت جماعت را به عهده گرفت. از این استاد فرزانه ی عرفان، کتاب های فراوانی بر جای مانده که منازِلُ السّالِکین، رساله ی عقل و جهل، حاشیه ی کفایهُ الاصول و … از آن جمله اند. در موقعیتی که رضاخان پهلوی، تمام مساجد و منابر را تعطیل نموده بود، آیت اللَّه شاه آبادی، هیچ گاه نماز و سخنرانی اش قطع نشد. زمانی هم که رضاخان، پوشیدنِ لباس روحانیت را ممنوع کرده بود، او فرزندانش را به روحانی شدن و پوشیدن لباسِ مقدس روحانیت تشویق کرد و به برکت همین تلاش مُخلصانه، هفت تن از فرزندانِ ایشان، روحانی شدند. وفات این عارف بزرگ برابر با 3 آذر 1328 ش در 77 سالگی روی داد و پس از تشییعی باشکوه در رواق ابوالفتوح رازی در حرم حضرت عبدالعظیم(ع) مدفون گردید. حضرت امام خمینی(ره) درباره استاد می فرمود: "من در طول عمرم، روحی به لطافت روح آیت اللَّه شاه آبادی ندیدم."