ها فاضل، مجتهد و فقیه از جمله شاگردان او می باشند. میرزای نایینی از طرفداران نهضت مشروطه و یکی از رهبران آن بود و کتاب تَنبیهُ الاُمَّه را در زمینه ی حکومت اسلامی نگاشت. وسیلهُ النَّجاه، قاعده ی لاضرر، احکام خلل و تعلیقه بر عُروَهُ الوُثقی ازدیگر کتب اوست. این عالم عالی قدر سرانجام در 26 جمادی الاولی سال 1355 ق در 79 سالگی بدرود حیات گفت و در جوار حرم حضرت امام علی(ع) مدفون گردید.